La fauna del suelo comprende un amplio conjunto de organismos animales que habitan total o parcialmente en el perfil edáfico. Tradicionalmente se clasifica en función de su tamaño en microfauna, mesofauna y macrofauna, una categorización útil desde el punto de vista funcional.

La microfauna, representada principalmente por protozoos y nematodos, regula las poblaciones microbianas y participa activamente en la liberación de nutrientes mediante el consumo selectivo de bacterias y hongos. La mesofauna, formada por organismos como ácaros y colémbolos, fragmenta la materia orgánica y facilita su posterior descomposición microbiana. Por su parte, la macrofauna, que incluye lombrices de tierra, insectos y miriápodos, actúa como auténtica ingeniería biológica del suelo, mezclando materiales, creando galerías y mejorando la aireación y la infiltración del agua.

La actividad conjunta de la fauna edáfica contribuye a la bioturbación, al mantenimiento de la estructura del suelo y a la redistribución de nutrientes a lo largo del perfil.