Las propiedades biológicas se manifiestan a través de una serie de procesos fundamentales que sostienen el funcionamiento del ecosistema edáfico. Entre los más relevantes se encuentran la mineralización de la materia orgánica, mediante la cual los nutrientes son transformados en formas disponibles para las plantas, y la humificación, responsable de la formación de compuestos orgánicos estables.

Asimismo, los organismos del suelo intervienen activamente en los ciclos biogeoquímicos, especialmente en los ciclos del carbono, nitrógeno, fósforo y azufre. La fijación biológica del nitrógeno, la nitrificación y la desnitrificación son procesos clave que regulan la disponibilidad de este nutriente esencial y las emisiones de gases de efecto invernadero.

La bioturbación, resultado de la actividad de la fauna edáfica, contribuye a la mezcla de horizontes, al transporte de materia orgánica y a la mejora de las condiciones físicas del suelo.